歴史地理情報の本質的な難しさは、空間そのものが時代とともに変わることにある。旧国・旧郡の境界、近世の村、藩、市区町村という単位は、いずれも固定された容器ではなく、合従・分割・廃置を繰り返してきた。この変化をデータとして扱うことが、通時的な分析の前提になる。

境界が動く単位をどう識別するか

行政区域の変遷をデータ化する際の基本的な問いは、「異なる時点の同じ単位をどう結びつけるか」である。歴史的行政区域データセットは、国土数値情報などを統合し、1920年以降の市区町村に網羅的にIDを付与した試みで、合計16,729件を識別している [UC-013 §歴史的行政区域データセット——市区町村IDの付与]。たとえば八王子市には「13201A1968」というIDが付与されており、合併によって境界が広がっても「概念としての八王子市」を一つのエンティティとして統合している [UC-013 §歴史的行政区域データセット——市区町村IDの付与]。同じ名称のものを同じエンティティとして扱うことで、ある資料に「八王子市」が現れたとき、そのIDに結びつけたうえで参照年次から境界の範囲を確認できる [UC-033 §地名のデータセット：行政区域から近世村へ]。

この識別の論理は単純ではない。「東京」が指すものは、東京府東京市の15区・35区・東京都特別区部（23区）と変遷しており、これらを「同じ東京」とみなすかはどちらの立場も取りうるため、あらかじめ基準を決める必要があると指摘されている [UC-033 §地図・地誌・地名の枠組みと識別子付与の方針]。IDは答えを与えるのではなく、「どの基準でまとめたか」という判断をデータに記録する器として機能する。

現状のデータセットは1920年以降に網羅的な対応が取れているが、1919年から1889年（市制及び町村制の成立年）への遡及と、明治から江戸への遡及は未整備の課題として残されている。1889年から2006年については行政界変遷データベースが存在するものの、誤りが多く部分的な利用に限られるという [UC-013 §歴史的行政区域データセット——市区町村IDの付与]。

近世村という単位の難しさ

江戸時代の村は、近代の行政区域よりもさらに扱いが難しい。境界が公式に画定されておらず、名称に表記揺れがあり、一方の資料では一つの村が他方では東西二村に分かれるという粒度の相違もある。

幕末期近世村領域データセットは幕末期の近世村66,581件を収録し、各村の領域を現代の農業集落境界データで近似している [UC-013 §江戸時代の村のデータセット——統合の試みと課題]。現代の農業集落と江戸時代の村にはそれなりの連続性があるという前提に立った代用であり、完全に同じものではない [UC-033 §地名のデータセット：行政区域から近世村へ]。これと平凡社『日本歴史地名大系』地名項目データセット（80,502件）を名称の一致で照合した江戸近世村統合データセットでは、約56,000件が同じ村を指すと判断できた一方、粒度の相違や表記揺れによって対応づけられない例が相当数残った [UC-013 §江戸時代の村のデータセット——統合の試みと課題]。表記揺れの一因にはOCR誤りも含まれており、どれが正しいかを一つ一つ確認するのは大変な作業になると述べられている [UC-013 §江戸時代の村のデータセット——統合の試みと課題]。

[UC-012 §江戸近世村データセット] でも同様に、一方では一つの村が他方では東西に分かれて粒度が異なる場合や、村名の表記が異なって対応づけられない場合が見つかっており、「丁寧に進めるにはかなりの時間がかかる」と見込まれている。

藩という単位の固有の困難

藩は、行政区域や村よりも一段と定義の難しい単位である。江戸時代に幕府が「藩」を公式にリスト化したことはなく、「藩」という語自体が明治以降に使われるようになったものである [UC-013 §藩IDデータセット——識別子の付与と研究動向の可視化]。このため、総数の確定も藩の定義そのものも歴史研究の問題に属し、データセットの側が厳密な定義を扱うことはできない [UC-012 §藩IDデータセット]。

藩IDデータセットは、『藩史大事典』など複数の事典を比較して統合・分離を検討し、寛文4年（1664）から明治4年（1871）に存在した藩として408藩にIDを付与した [UC-013 §藩IDデータセット——識別子の付与と研究動向の可視化]。ただしこれも唯一の正解ではなく、本研究の判断であるとされている [UC-012 §藩IDデータセット]。

呼称にも公式の基準がない。地名で呼ぶか家名で呼ぶかという違いがあり（仙台藩と伊達藩）、出羽・伊予・備中に同名の松山藩が三つあるような場合もある [UC-013 §藩IDデータセット——識別子の付与と研究動向の可視化]。代表的な呼称は、J-STAGEの論文での使われ方やWikipediaの用例という現代の利用実態も参照して決めており [UC-012 §藩IDデータセット]、呼称の選択にはデータを設計する側の判断が不可避に入り込む。

空間的な表現も単純ではない。藩の領域は居城の周囲にまとまるという素朴なイメージとは異なり、加賀藩・熊本藩・尾張藩などでは領分が複数の地域に分かれ、飛び地を持つ例が多い [UC-013 §藩IDデータセット——識別子の付与と研究動向の可視化]。また、村は基本的に一つの領主に属するが複数の領主を持つ村もあり、村と藩は多対多の関係にある [UC-010 §藩IDデータセットと村・藩の統合的な可視化]。藩の代表点は居城・陣屋の位置で与えられるが、一万石規模の小さな藩では所在が判然としないものもあり、精査が続いている [UC-012 §藩IDデータセット]。位置を一点に決められない場合には、Uber H3インデックスを用いた六角形で範囲を指定し、ID自体に曖昧さのレベルを含める工夫が導入されている [UC-033 §地名のデータセット：藩・街道・宿場とGeoLOD]。

さらに、藩と大名家は一対一ではない。江戸時代は藩ではなく大名家が主であり、大名家が移動する場合もあるため、藩IDとは別に大名家IDが必要で、当主交代などのイベントを扱うにはより複雑なID体系が求められると指摘されている [UC-012 §藩IDデータセット]。

時代をまたいで「同じ場所」を指すことの難しさ

旧国・旧郡の境界データについては、明治期と江戸期で国・郡の分け方が異なるため、既存のデータをそのまま使うことができず、旧国・旧郡境界データセットの構築にあたっては江戸・明治の実情に合わせてIDを付与し直している [UC-013 §既存データセットの活用と過去データの課題]。単一の時点のデータとして整備されたものを通時的なデータセットとして使おうとするときに、どの時点の区分を基準とするかという問題が生じる。

街道にも同様の難しさがある。江戸主要街道データセットと江戸宿場データセットへの番号付与が進められているが、街道には時期による移設や経路の違いがあり、複数経路が想定されうる [UC-012 §江戸期地理データセット]。IDを与えつつ説や時期に応じて複数の経路を割り当てられる柔軟な枠組みが望ましく、ナンバリングにも公式の定義がなく呼称や経路がぶれるため、できるだけ柔軟に対応したいとされている [UC-012 §江戸期地理データセット]。

こうした問題は、既存のデータ資産を通時的に活用しようとするときの一般的な構造的困難でもある。技術的制約のある時代に作られ現代の基準では精度や統合に問題がある場合、データセットが公開されてもサービス展開に至らなかった場合、修正手順が確立されておらず誤りの指摘に対応しにくい場合、翻刻で誤りが混入する場合、といった課題が報告されている [UC-013 §既存データセットの活用と過去データの課題]。行政界変遷データベースのように精度の問題でそのまま使えない例もあり、部分的な利用にとどめざるを得ない場合がある [UC-013 §歴史的空間情報基盤の課題と今後の展望]。